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要将MIUI系统中的所有短信标记为已读，你可以按照以下步骤操作。
1、打开短信应用。
2、在短信列表中，长按任意一个短信，打开全选或选择模式（具体取决于MIUI版本和界面设计，可能是点击菜单按钮或使用手势操作）。
3、选择所有短信（可以通过勾选的方式）。
4、点击标记为已读或类似的选项（具体位置可能因版本而异，通常在菜单中）。
不同版本的MIUI系统可能存在操作上的差异，上述步骤可能需要根据你实际使用的MIUI版本进行调整，如果在操作过程中遇到困难，建议查看手机的用户手册或在线帮助资源以获取更详细的指导。